I cristiani della Terra Santa sono un microcosmo variegato di antiche Chiese del Medio Oriente. Vi sono ortodossi greci e siriani, cattolici melchiti e latini, armeni, maroniti, copti, etiopi e caldei, oltre a gruppi più piccoli di anglicani, luterani ed evangelici. Esiste persino un gruppo di cattolici di lingua ebraica, la comunità di San Giacomo, costituita principalmente da espatriati francesi convertitisi dall'ebraismo.

È difficile dare indicazioni precise sul numero dei cristiani. Nelle quattro giurisdizioni che formano la Terra Santa (Israele, Gerusalemme, Palestina e Giordania), se ne contano approssimativamente 300mila. Gli ortodossi dovrebbero essere poco più della metà. Il secondo maggiore gruppo è quello dei cattolici, per lo più latini e melchiti. Fin dalla prima intifada, la rivolta palestinese scoppiata nel 1987, i patriarchi e le autorità delle Chiese in Gerusalemme fanno regolarmente dichiarazioni su questioni pubbliche che riguardano i loro fedeli. Sono tredici in tutto: i patriarchi greco, latino, armeno, e altre dieci autorità cristiane, tra cui i vescovi anglicani e luterani, ma non i leader evangelici.

Queste antiche Chiese, specialmente quella ortodossa e quella cattolica latina, sono custodi dei luoghi santi. Nella chiesa del Santo Sepolcro e della Resurrezione e nella chiesa della Natività, gli ortodossi condividono la responsabilità con i francescani e con altre Chiese orientali, secondo complicati accordi stabiliti da un decreto ottomano di status quo del XIX secolo. Ogni Chiesa difende gelosamente le sue prerogative e, a volte, la custodia condivisa è causa di controversie. La cerimonia ortodossa del «fuoco sacro», che si svolge il Sabato santo, è stata occasione di scontri, in anni recenti, tra greci e siriani, e una cappella siriana del Santo Sepolcro distrutta da un incendio decenni fa non è ancora stata restaurata perché manca il consenso dei greci.

Il conflitto israelo-palestinese pervade tutti gli aspetti della vita in Terra Santa. La fase attuale delle ostilità ha messo le Chiese sotto forte pressione. La maggior parte dei fedeli cristiani si considera palestinese e, che vivano in Israele o in Palestina, essi sono comunque coinvolti nel conflitto. In Israele, ad esempio, circa il 70% dei cristiani dipende economicamente dalle attività legate ai pellegrinaggi. Quando il numero dei visitatori crolla per le paure generate dalla guerra, aumentano disoccupazione e sottoccupazione. Nelle zone palestinesi come Betlemme, l'impatto economico è ancora più forte a causa della chiusura dei confini, dei posti di controllo, e degli operatori turistici israeliani che sconsigliano ai pellegrini di entrare nei territori.

La seconda intifada (detta di al-Aqsa), scoppiata nel 2000, ha coinvolto pesantemente i cristiani di Betlemme e delle città vicine di Beit Sahur e Beit Jala. Le zone periferiche sono diventate campi di battaglia tra le milizie musulmane che vagano per la zona e le forze militari israeliane. Le pesanti incursioni israeliane hanno interrotto il commercio e distrutto molte infrastrutture appena rinnovate per il Giubileo del 2000.

Successive misure di sicurezza degli israeliani, compreso il muro che separa Israele dai territori palestinesi occupati, hanno determinato la confisca di terra palestinese, in particolare in zone cristiane. Inoltre, nel caos delle rivolte armate, i cristiani che abitano in città hanno dovuto subire la situazione di insicurezza. Non si potevano distinguere bande e milizie e il crimine dilagava. Molti cristiani relativamente benestanti sono stati soggetti a estorsioni, rapimenti, furti e omicidi. Lo stesso stato di illegalità si può incontrare tra musulmani a Jenin e a Nablus, ma poiché le vittime di Betlemme erano cristiane, lì i reati sono stati spesso attribuiti alla persecuzione religiosa.

La crescita del fondamentalismo islamico è un'altra minaccia per i cristiani della regione. In Giordania però, almeno nel breve periodo, essa ha contribuito a rafforzare la Chiesa, stimolando i cristiani ad approfondire la propria conoscenza della fede e, su incoraggiamento della monarchia stessa, a rafforzare le loro istituzioni e i legami con il resto della Chiesa nel mondo.

Nei territori palestinesi, la militanza islamica è una sfida crescente. Contrariamente a ciò che è stato a volte riportato, l'Autorità palestinese non è stata responsabile delle persecuzioni contro i cristiani o della loro mancata protezione. Essa ha cercato di proteggerli, ma l'afflusso di musulmani integralisti dalla campagna verso le città ha portato a vessazioni e discriminazioni non dichiarate a livello locale. La situazione si è aggravata a partire dal 2000 con la nuova fase della resistenza palestinese e, più recentemente, con la vittoria del movimento islamico Hamas nelle elezioni e la conquista del governo. Si teme che i cristiani saranno costretti ad adeguarsi alle usanze musulmane, come l'uso del velo per le donne e il divieto di bere alcolici. I leader di Hamas, tuttavia, hanno assicurato le autorità delle Chiese cristiane che non ci saranno discriminazioni contro i cristiani.

La situazione è complessa anche in Israele. In diverse occasioni la polizia non è riuscita a dare adeguata protezione ai cristiani contro i rivoltosi ebrei, musulmani e drusi. Nel celebre caso della tentata costruzione della moschea di Shehab al-Din all'ombra della chiesa dell'Annunciazione a Nazareth, per anni politici israeliani, amministratori locali e ufficiali di sicurezza hanno collaborato segretamente con l'ala militante del Movimento islamico prima che il progetto fosse fermato.

Infine, in Israele è stato messo in discussione lo status giuridico della Chiesa greco-ortodossa e di quella cattolica. Dopo che il Santo Sinodo della Chiesa greco-ortodossa ha deposto il patriarca Irenaios I per la presunta vendita segreta di proprietà a gruppi di interesse israeliani, il governo ha rifiutato di riconoscere la destituzione e quindi l'elezione di un nuovo patriarca. Di conseguenza, il nuovo patriarca, Teofilo III, non è in grado di intraprendere azioni legali per conto della Chiesa.

Nel frattempo, dopo aver firmato un trattato con il Vaticano nel 1993, il governo di Israele ha affermato in tribunale che il trattato, noto come «Accordo fondamentale», non è legalmente vincolante in Israele perché non è mai passata alcuna legge di attuazione. Questa rinuncia di fatto al trattato ha già impedito negoziati tra la Chiesa e il governo e mette in pericolo i piani del Vaticano per stabilizzare la situazione dei diritti e degli interessi cattolici nello Stato ebraico.

In seguito agli accordi di Oslo del 1993, il Vaticano aveva sperato che il futuro del cristianesimo in Medio Oriente potesse essere fondato sul diritto fondamentale alla libertà religiosa dei singoli credenti. Con il deteriorarsi della situazione generale dei cristiani, tuttavia, i fedeli si sono trovati a dipendere, come nel passato, dal sostegno della Chiesa ufficiale. Con l'incertezza giuridica che oscura il futuro della Chiesa istituzionale, si oscurano anche le prospettive dei cristiani di Terra Santa.